苍穹铸造天巢，等等，九州的实力空前高涨。正当这些强者即将杀去洪荒天的时候，又一场大战爆发了。
原来，当年在死界死去的强大存在们，经过过去久远的时间，他们悄悄的在深渊下逆死而生了，可能由于生前的强大，它们复活后瞬间便忆起前世种种，而那些黑暗族群，竟然摆脱了光明的束缚，成就了超越君王的祖君。黑暗祖君竟以超越祖神级的契机为引诱，在诸多四方世界祖君没有识破他们生前身份的时候，突下杀手，之后将其炼化成了一面面天碑。黑暗祖君们将天碑作为封印四方世界的阵基，运用莫力，成就了一个似乎封天困地的庞大阵法，他们准备让各界无法联合，然后各个击破。
祖君们打开九州封印，以死界的太古巨城为本体，穿越虚空而来，但是却遭到了祖神们的大力封杀，多个巨城被困在地下深处，但九州的很多地域也在强大的能量作用下，在封印未完全闭合之时，飞到了天外各界，始祖龙在战斗中肉身崩溃，只剩下头骨，无法复原的龙魂被一块天碑镇压入黄河，从而黄河改道，由一条小河成为似一条万里巨龙般澎湃流淌的滚滚天水。
黑暗祖君们一直处于劣势，最终气急败坏，拼死决战，他们将死城打入长生界，准备率领死界白骨大军从死城中早已开辟好的入口杀入，但，祖神怎么能让它们如愿呢，于是，死城划破长空，数个祖神引数个黑暗祖君于无尽时空之中，围绕着死城展开了吞天弑地般的绝世飞天大战，长生界所在的整个空间天昏地暗、风起云涌，由于祖神们竭力保护才没有破碎，但也因此，成就了古神荒漠等一些外围险地和一些薄弱的空间壁障，所以，异界祖神后来才能够突破天碑困界的封印来到长生界。
祖神之战，动辄便是毁天灭地的力量，强如祖神，在同级的实力下，也是存在死亡的。燧人氏身死，伟大的躯体横尸在了死城之中，武祖临死去之时封印自身，化为石人，但不想却被祖君打碎。佛陀的魂魄被强行震出体外，无法回归，无量无上佛身跌落迷失于茫茫东海之中。而祖君们也有死伤，他们的躯体是由虚凝实而来，有几位只是力竭被拉回去的，相对于祖神，他们占了便宜。
大战越来越惨烈，诸多高手都无法再安然，虚幻伪神最终也加入战团，长生界关系到他们的根本，即便是鸿钧也不得不出手大战祖君。
祖神们的势力越发强大了，祖君们最终难以抵挡，伏羲以燃烧灵魂为代价将死城打落在了龙岛，他也坠落而下，只剩一丝魂魄，随身八卦也跌落在那里。
死城被封之后，没有力竭的祖君通过古井逃回死界，女娲和有巢追杀而去，出了古井，祖君们早已逃得没了踪影，然而，有巢突然发现古井存在阵