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元惠宗发现孛罗铁木尔是个绣花枕头，对他产生了不满。
蒙克等人向元惠宗建议暗杀孛罗铁木尔。
1365年8月的一天，元惠宗让人去请孛罗铁木尔入宫讨论国家大事，自己则躲在密室内等待蒙克动手。他们约定事成以后用鸽子的铃声作为暗号。
不明就里的孛罗铁木尔兴冲冲地入宫，刚走到延春阁前的李树下，被蒙克带领的杀手刺死了。
听到响亮的鸽子铃声，元惠宗踌躇满志地走出了密室。他端坐在龙椅上，威风凛凛地下令立即剿杀孛罗铁木尔的部下，同时让蒙克将孛罗铁木尔的脑袋装进木匣子里，送到太原的皇太子处以示警戒。
不久，心灵受到极大震撼的皇太子在阔阔铁木尔的护送下回到了大都，诚恳地向父皇请罪。
毕竟是血浓于水、父子一家亲。元惠宗原谅了犯错的太子，任命劝和有功的阔阔铁木尔为左丞相，老臣伯撒里为右丞相。
至此，宫廷的争斗才告一段落。
时间不长，元惠宗又封阔阔铁木尔为河南王，派他南下肃清江淮之乱。不料，阔阔铁木尔在河南、山西、陕西等地与李思齐、张良弼等诸多军阀发生了混战。
元惠宗怀疑阔阔铁木尔造反谋逆之心，命令皇太子总领天下的兵马，蒙克作为副将，前去讨伐阔阔铁木尔。
军阀混战一直持续到大都失守的前夕，极大地损耗了大元王朝的有生力量。
元惠宗虽然昏庸，却也非常明白国难当头。1367年，他派蒙克前往高丽的济州岛，命令秘密地建造了宫殿，以备将来逃难之用。
在大元内乱不断的期间，朱元璋在南方一家坐大，先后将陈友谅、张士诚和方国珍等群雄逐一削平，最后发动了“驱逐胡虏、恢复中华”的北伐战争。
1368年8月，大都四面楚歌，即将沦陷。元惠宗这才与阔阔铁木尔实现了和解。但是，一切都为时太晚了。
元惠宗在清宁殿召见大臣和三宫后妃与皇太子，正式宣布放弃大都、迁往上都。
脱脱的儿子、知枢密院事哈剌章力谏皇上不可迁移，以免动摇军心。
元惠宗说道：“也速已经大败了。阔阔铁木尔又远在太原。哪里还有援兵来救助我们呢？”
道尔吉跪在地上痛哭流涕地进谏道：“天下是世祖（忽必烈）打下来的。陛下您应当以死守卫哇，怎么能够轻易放弃呢！我们愿意率领大都的军民出城战斗。希望陛下固守京城啊！”
元惠宗叹息道：“今日绝不可以重蹈大宋徽宗和钦宗被异族俘虏的旧辙！”
道尔吉悲痛万分，回到家中便去世了。
元惠宗在北逃的途中看到了国内的真实情况，无限感慨地对蒙克说道：“朕整天不出京师，怎么知道外边的局势已经到了如此的地步啊！”
蒙克护送元惠宗到达上都以后，不分昼夜地邀请群臣来到皇上的住处，共同商议恢复大业的良计，希望重新振兴大元王朝。
一天，几位大明的使者奉朱元璋的指示来到上都，游说元惠宗弃暗投明，归顺大明王朝。
元惠宗提笔写了一首名为《答明主》的诗，作为对朱元璋的回答：
金陵使者渡江来，
万里风烟一道开。
王气有时还自息，
圣恩无处不昭回。
信知海内归明主，
亦喜江南有俊才。
归去诚心烦为说，
春风先到凤凰台。
1368年11月，阔阔铁木尔和蒙克不负元惠宗的厚望，在韩店（位于今天山西省长治）与大明军队打了一个漂亮的胜仗。
元惠宗又被这场回光返照式的胜利冲昏了头脑，下令封
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