向喀什的分裂政权发起了进攻，在巴楚、伽师等地相继击败了分裂武装。
2月6日，马英的军队击溃了围攻疏勒城的沙比提大毛拉和穆罕默德·伊敏的军队，彻底为马占仓和马武解除了包围。
3月28日，马福元、马武、马占仓率领军队，联合向盘据在疏勒附近的“东突厥斯坦伊斯兰共和国”部队发起了总攻。
分裂武装多数是强征而来的农牧民，没有经过严格的训练，在久经沙场、训练有素的马军的攻击下，丢盔弃甲，一败涂地。
存续4个月130多天的“东突厥斯坦伊斯兰共和国”当即土崩瓦解。“政权首脑”或者被捕，或者率领残兵败将落荒而逃。
马军占领喀什以后，穆罕默德·伊敏退回到和阗，又在那里建立了所谓的“和阗伊斯兰王国”。
马虎山率领军队前往和阗，又一举消灭了分裂政权“和阗伊斯兰王国”。
穆罕默德·伊敏仓皇逃亡印度，后来加入中国国民党，担任中央监察委员。1948年12月，担任新疆省府副首脑。新中国成立后，他再度流亡印度。1964年，在土耳其病于。
沙比提大毛拉逃往莎车。5月，倒向省府的霍加尼牙孜抓捕了沙比提，押解到省会迪化。同年，沙比提大毛拉在迪化被处决。
至此，马军彻底干净地消灭了南疆的分裂政权，在打击分裂势力、维护国家统一方面，做出了不可磨灭的贡献，应当明确地载入史册。这也使得分裂势力怀恨在心，以至于后来喊出了“杀汉灭回”的反动口号。
马英随即抵达喀什。
驻喀什的外国使节争相前往迎接。英国领事尤为热情，一心想拉拢马英倒向英国的怀抱。
马英却出人意料地接受了苏联领事的邀请。
大家都对马英的选择很不理解。
马英对部下说道：“我们这次出关，为的是反对封建统治，反对帝国主义。这里的情况与内地不同，新疆有几千里边境与苏联相接，各方面都要跟苏联打交道。盛才正是依靠苏联打败我们的。沙比提依靠英国，却被我们消灭了。这说明苏联是真心帮助人的。英国是谝闲传（闲聊）的。这个现成的事例，难道大家还没看清楚吗？我们要是不依靠苏联，也得要上英国的贼船。”
盛才与马英征战多年，积怨极深，势不两立。他绝对不能接受马英染指新疆，很快向南疆派来了大批部队。
苏联领事急忙出面调停。
盛、马双方进行了艰苦的谈判。
在谈判的关键时刻，苏联领事再一次邀请马仲英前往赴宴。
马英安排其他将领坚守军营，自己带着秘书和牛占川来到了苏联领事馆。
苏联领事热情地款待马英一行。他知道马英等人是穆斯林，特意请来了撒马尔罕的厨师做饭菜，以示尊重。
在宴席上，苏联领事端起茶杯，亲切地说道：“我早就听说马将军不喝酒、不吸烟，也不吃喝嫖赌。这一点很好。我很钦佩。但是，我要告诉马将军的是，盛才是中国正式任命的官员，而且同我们苏联的友谊十分深厚。苏联真诚地希望新疆的局势和平稳定。这一点，我想马将军不会有所怀疑吧？”
马英的嘴角微微一翘，露出了一丝孩子式的笑容，然后说道：“我马某人从一开始起事就是反对封建压迫，追求国家和平。如果中国和苏联能够保证盛才遵纪守法，使新疆的老百姓安居乐业，我又何乐而不为呢？”
苏联领事高兴地说道：“这个请马将军放心。中苏两个国家为你作担保。”
他的话锋一转，接着说道：“等到新疆的局势稳定，人民必将幸福和睦，国家也一定会繁荣富强。以前是马将军、盛将军、张将军和沙比提大毛拉四分天下。现在，后两者已经灰飞烟
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