到了巴德尔的后代吉日木图的有力反击，最后悻悻地退兵。
左宗棠平定了关中和陇东的起义，指挥大军向西逼进，先派总兵徐占彪率领12营大军从固原向肃州进发。
徐占彪攻克肃州城西南的塔尔湾堡，连下起义军12座营垒，进军到肃州城下。
起义军死伤惨重。
清军连日攻城。
马文禄在战斗中受伤，派人出城求和。
徐占彪认为是起义军的缓兵之计，未允准。
六月初六，6000多起义军身穿白衣，头扎白巾，鼓嗓喊叫直扑城外。
清军凭借洋枪洋炮，击退了起义军，夺取了一些营垒。
马文禄只好派人向回疆和西宁府的起义军求援。
迪化红庙子起义军首领妥得璘派千余人入城助守。西宁方面也派来陕西起义军毕大才进援肃州。
马文禄被妥得璘封为元帅。他先后招纳甘州、沙州和西退的起义军编为六个营。沙州两营坚守城北。甘州营驻守城东。肃州营驻守东关。西宁营驻守城南。循化撒拉尔营驻城内。
1873年2月，乘胜追击的左宗棠大量向肃州增兵，使包围肃州城的清军达到了60多个营，对肃州的包围圈已经形成。左宗棠又兰州拉运来一批新式大炮支援肃州。
在清军的追杀下，穆和迈跟随从白彦虎等陕西关中和甘肃金积堡、河州、西宁等地败退下来的起义军不断西撤，从甘州攻破抚夷城 (今天甘肃临泽县蓼泉镇)和高台的各屯堡，汇集到了肃州一带。
白彦虎率军多次进攻肃州城外官军，都被清军截击，难以入城与马文禄会合。
白彦虎多次进攻无效，率领残部向西退出嘉峪关，向回疆逃亡。
清军集中兵力在肃州城外挖掘壕沟，修筑土墙，架设木栅栏，将肃州城包围得严严实实。里面的人出不来。外面的粮食也进不去。
围困长达8个多月的肃州城里粮食终于断绝了。
起义军只好宰杀骑兵的军马充饥。军马吃完了，再吃树皮和麦糠。他们揪光了肃州城里大小树木的叶子，撕完了树上的嫩皮。即使这样，起义军坚决不投降。
左宗棠用地雷炸开东北城角的缺口，在西南及东南城角暗掘地道，用棺材装满炸药埋在城下，又在城南用大炮猛烈轰击，炸得起义军血肉横飞。
起义军人心大乱。每天从肃州城中潜逃出来投降的回汉老百姓多达数百人。
左宗棠派遣投降的回回首领向城里的起义军官兵喊话，劝说他们出来投降，官府优待俘虏，给他们发放粮食和回家的路费。
马文禄看到形势日益恶化，起义的前途黯淡渺茫，思想开始出现了动摇。
11月4日，马文禄为了保存起义军将士的性命，毅然决定投降，派人送书信到清军大营。
左宗棠允准，要求马文禄先交出武器、马匹和回回人的花名册。
马文禄立即整理17000余件武器和人员花名册，率领起义将领出城，前往左宗棠的大营投降。
左宗棠下令将马文禄等9名将领全部捉拿，关入监狱。
他又命令按照花名册清点起义军人数。甘州籍1营800余人出东城门，由宋庆点验分管理。沙州籍2营700余人由北营金顺点验分管。西宁猎户1营500余人由徐占彪接管。循化撒拉营由刘锦棠监管。
各军接受的起义军按男女分别安置在附近空庄废堡里暂住，听候发落。肃州本地的6300多名起义军士兵留在东关。
肃州城里原有居民5万多人，经过9年的战乱只剩下了数千人。
阴历九月二十三日的午后，左宗棠下令将马文禄等9个部将斩首，其余的起义军士兵大多予以遣散。
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