作为东林一脉的孙承宗比外人更清楚东林党的潜力，东林党真正的力量除去朝堂外更在地方，尤其是江南各省尤为如此，再加上同地方士绅、商人的结合，更导致东林党的力量极其庞大。
面对皇帝的询问，孙承宗也不能不作答。他思索了片刻，就东林党的实际情况向朱慎锥解释了起来。孙承宗没有遮掩粉饰，实话实说，以较为公正的角度讲述了他对东林党的看法。
孙承宗告诉朱慎锥，东林党实际上只是一个以学识和政见为基础结合起来的一群读书人学派罢了，并非真正的党派。东林党的起源是东林书院，而东林书院创于北宋政和元年，但后因为战火被废弃，直到万历三十二年顾宪成等人重修书院，并在此讲学后才恢复。
顾宪成在东林书院讲学时提出了他的政治观点，并写下了著名的一副对联，而这副对联后来也成了所谓东林党人的座右铭。
因为顾宪成的思想影响，后来赞同他政治观点的学子聚集在东林书院，谈论实事，指点江山，激扬文字，以天下为己任，就此形成了后来的东林党。从这点来看，实际上东林党和普通学派没太大区别，所不同的是因为东林书院的巨大影响力和后来这些学子陆续迈入官场，围绕东林书院形成了一个新兴政治团体，相互报团取暖，这才演变成了后来的东林党。
东林党的政治观点从本质来说并没问题，但再好的政治观点通过每个人的理解却又是不同。再加上人和人之间的区别，还有权利、利益各方面的缘故，几十年下来东林党内鱼龙混杂，真正为国为民的东林党人不是没有，而顶着东林党名头的人却是更多。
孙承宗说道：“以老臣之见，这天下实际并无什么东林或其他党，无非就是以地域、学派、籍贯等方面形成的团体罢了。其实这种情况早就有之，比如同乡、同窗、同年、师生等等，只是之后起了变化，以至政见不同，变成了现在这番。”
“呵呵，党同伐异。”朱慎锥笑着说了一句。
孙承宗默默点头，这点他不否认，正是党同伐异造成了后来的局面，而各党之人也因为争斗而争斗，早就脱离了最初的理念，对此孙承宗也是心中有所不满的。
“先生，朕想请教你一事。”
“不敢言请教，陛下所询，老臣自当尽力为陛下解答。”
“朕问的是，如朕要向东林党下手，彻底铲除此党，先生对此事如何看？”朱慎锥以很平常的语气说出了一句让孙承宗犹如五雷轰顶的话来，孙承宗当即身子微微一震，脸色顿时就变了，看着朱慎锥的目光带着复杂，同时露出了惊愕，还有一丝茫然和无奈。
孙承宗起身，朝着朱慎锥拜下，言语带着略微的颤音道：“老臣向陛下请罪，如陛下要这样做，老臣万万不能答应，这无关老臣同东林，而是陛下如要对东林党下手等于挑起党锢之祸，此事一旦做了必然引起大变，天下大乱就在眼前，还恳请陛下收回成命。”
“怎么？你孙承宗是怕朕要对你动手？惜命不成？”朱慎锥冷眼打量着这位老臣，开口问道。
孙承宗苦笑道：“老臣已年近八十，活的够久了，陛下如对付老臣，老臣这条性命给了陛下也无妨。但老臣之所以反对陛下此举并非为了自己，更不是为了东林一脉，而是为我大明江山社稷着想啊！我大明好不容易有了陛下这等明君，如今解决了内患，辽东战场也趋向平稳，眼下正是国家休养生息，恢复国力以至中兴的大好机会。”
“一旦陛下对东林党下手，必然掀起风波，这可不是小事。老臣知晓陛下对朝中党争不满，一直打算整顿朝纲，以固皇权。对此老臣心中是赞同的，可老臣也以为有些事绝对不能操之过急，为君者当以大局为重，行事更当稳重才对。老臣刚才也说了，东林一脉有弊不假，但东林中人也不都是如此，正直为
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