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由於大部分防御力量被外部的战斗和EV泰坦的降临所牵制，加上加持良治从中策应，葛城美里率领的反抗军进展迅速。他们一路突破，很快控制了指挥中心、主要通道以及部分关键设施。
碇源堂和冬月幸增在少数贴身警卫的保护下，被迫撤离指挥中心，退往更加隐秘的区域。
他们的计划遭到了前所未有的重创。
与此同时，地面战场上。
初号机终於艰难地走到了那庞大的白色女体面前。
卡西乌斯之枪依旧深深嵌入其胸膛，暗沉的枪身与周围白色的、略带琉璃化的组织形成鲜明对比。
枪身周围，细密的裂纹中依旧闪烁着微弱的不稳定光芒。
初号机伸出巨大的手掌，握住了卡西乌斯之枪的枪柄。
一股奇异的、温和却坚定的能量顺着接触点流入初号机，也流入了真嗣的体内。
这并非朗基努斯之枪那种充满终结意味的力量，而是一种蕴含着无限可能性的、如同生命萌芽般的感觉。
「为了——绫波————」真嗣喃喃自语，用尽全身力气，猛地将长枪拔了出来！
没有鲜血喷涌，只有一股柔和的、彩色的光芒从伤口处暂时溢出。
白色女体的轮廓似乎微微波动了一下，但并未立刻崩解。
紧接着，初号机将卡西乌斯之枪交到左手，右手则探向挂在腰部拘束器上的「基路伯—I型」手雷。
他回忆着之前剥离第九使徒时的操作，将手雷精准地投入了那被长枪刺出的创口之中。
湛蓝色的净化光芒再次亮起，但这一次，光芒显得更加柔和，更加具有「选择性」。
光芒如同水流般渗入白色女体的内部，所过之处，那些属於力天使的、异化的暗红色组织和能量纹路开始被迅速分解、中和，化作清澈的液体流淌出来。
而属於零号机本体的黄色装甲碎片，以及更深处那微弱的、属於绫波丽的灵魂波长，则在净化光芒中艰难地维持着，仿佛在狂风中摇曳的烛火，但终究没有熄灭。
有效！净化过程确实在分离使徒的污染！
真嗣紧张地看着这一切，心中重新燃起了希望。
陈瑜通过泰坦的传感器观察着净化过程，微微点头：「生物组织分离顺利，驾驶员灵魂波长稳定————有救回的可能。但需要时间，以及更稳定的环境。」
他的目光再次投向NERV总部的方向。
内部的交火声似乎正在减弱，葛城美里和加持应该已经基本控制了局面。
但是，他的灵能感知告诉他，地下的那个「源头」，正因为朗基努斯之枪的拔除，而变得更加「活跃」了。
失去了最重要的封印，莉莉丝的本体，正在从漫长的沉寂中加速苏醒。
必须在她完全恢复活性，或者被EELE/碇源堂再次利用之前，重新将其控制。
「明日香，」陈瑜的声音响起，「地面的威胁暂时解除，但地下的危机才刚刚开始。莉莉丝正在苏醒，我们需要下去，用你手中的枪，再次完成封印。」
明日香看向脚下的大地，又看了看手中沉重的朗基努斯之枪，深吸一口气。
「我准备好了，博士。」
NERV总部内部的枪声逐渐稀疏，反抗军在各关键节点设立了防线，开始系统地清理残余的抵抗力量，并接管各部门的运作。
葛城美里站在重新恢复部分功能的主控制台前，看着屏幕上各个区域的状况，眉头紧锁。
虽然控制了总部，但外部有使徒和EV的威胁，内部有莉莉丝失控的风险，局势依旧不容乐观。
「美里小姐，」赤木律子的声音从通讯中传来，
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