拓跋珪除了选用有才的如贾闰、贾彝、晁崇等人留下外，打算将其他官员都送回后燕，但之后听从中部大人王建的建议将四万降兵全部坑杀。
史称‘参合陂之战’。
北魏登国十一年三月，燕帝慕容垂为报参合陂之耻，亲率大军再度伐魏，他率军密出中山，命人凿开太行山道，出其不意地攻陷平城，留守平城的魏陈留公拓跋虔战死，守城的三万余家部落皆被俘。
接着慕容垂更派慕容宝等进逼拓跋珪。
拓跋珪此时十分惊惧，打算逃离盛乐避兵，而诸部因骁勇善战的拓跋虔战死，亦有异心，令拓跋珪不知所措。
可是慕容垂因见参合陂堆积如山的燕兵尸体而发病，无奈退兵，并病逝于上谷，其子慕容宝回到燕都中山继位，使拓跋珪所面临的危机顿时消于无形。
北魏登国十一年七月，拓跋珪建天子旌旗，改元皇始，正式开始准备攻取后燕所占的中原土地。
鲜卑人薛勃反叛后秦，逃到岭北，上郡、贰川的胡人都响应他，于是，薛勃在金城包围了安远将军姚详。姚兴派姚崇、尹纬领兵讨伐薛勃。
北魏皇始元年八月，拓跋珪亲率十万铁骑，如同黑色洪流，自马邑呼啸而出，越过险峻的句注山，直指南方的燕并州。
马蹄声震天动地，尘土飞扬，遮蔽了半边天空，仿佛预示着即将到来的风暴。
与此同时，另一路偏师在封真的率领下，悄无声息地向着燕幽州进发，如同暗夜中的利刃，准备给后燕来个措手不及。至皇始元年九月，魏军如同猛虎下山，势不可挡，迅速进至晋阳城下。
城墙上，后燕辽西王慕容农面色凝重，望着城外那黑压压的敌军，心中五味杂陈。他知道，这一战关乎后燕的存亡，也关乎他个人的荣辱。
随着一声令下，慕容农率众出战，两军在晋阳城外展开了一场惊心动魄的大战。箭矢如雨，刀光剑影，喊杀声震耳欲聋。然而，慕容农虽勇猛无比，却终究敌不过魏军的如潮攻势，最终大败而归。
此时，晋阳城内却发生了戏剧性的变化。守将见慕容农败退，心生异念，竟叛燕投降，打开了城门。慕容农无奈，只得率众东走，企图逃离这即将沦陷的城池。
长孙肥见状，立刻率众追击，如同猎豹追逐猎物，紧咬不放。终于在潞川之地追上了慕容农的残部。一场激战之后，慕容农的妻儿不幸被掳，他只身带着三名亲信，冒着枪林弹雨，拼死逃回中山，背影显得孤独而悲壮。
拓跋珪见状，心中大喜，立即下令攻取并州之地。魏军如潮水般涌入城中，将后燕的旗帜一一拔下，换上了魏国的旗帜。
他随后又命于栗磾及公孙兰等智勇双全之士，暗中开通昔日刘邦所走的险道，准备为后续的战略部署埋下伏笔。
整个并州之地，在魏军的铁蹄下颤抖，而拓跋珪的雄心壮志，却在这烽火连天的岁月里，愈发显得坚定而不可动摇。
其时燕军决意婴城自守，打持久战，于是拓跋珪在攻下常山后，其东各郡县的官员不是弃城就是投降，北魏于是轻易地得到中原大部分郡县归附，仅余中山、邺及信都三城仍然拒守。
拓跋珪于是兵分三路分攻三城：自攻中山，拓跋仪攻邺及王建、李栗攻信都。然而，拓跋珪在攻中山城时遭燕军力拒，于是暂时放弃进攻中山，改南取其余二城。
北魏皇始二年，正月，拓跋珪加入进攻信都，终于逼得后燕守将宜都王慕容凤弃城出走，但其时后燕重臣范阳王慕容德却成功离间进攻邺城的拓跋仪及贺赖卢，令他们退兵，并乘机从后追击，大破魏军。
北魏皇始二年三月，燕帝慕容宝向拓跋珪求和，并说要送还拓跋觚，并割让常山以西土地。
拓跋珪已答允，但慕容宝
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