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江河一笑,道:“别激动,慢慢说。”冯野开始叽里咕噜。
“老大!我这段时间不是把国际上主流的分子动力学模拟软件,像AMBER和GROMACS全部研究了一遍嘛?我!发!现!他们的分布式计算架构有一个巨大缺陷,就是节点间的通信延迟太高,所以我重新写了一套MPI调度逻辑,引入了马尔可夫状态模型(MSM)的概念,把蛋白质构象的连续变化轨迹切分了,就是说啊,咱们以後不需要让超算搞一条长轨迹,搞到昏头,慢嘟要死,是并行,并行概念!就是跑短轨迹,然後拚接起来……”
冯野越说越兴奋,专业词汇不断往外蹦。
江河其实是听不懂的。
但他微笑地听着,时不时嗯嗯两声,以作回应。
对於项目组成员激动汇报成果的时刻,他从来不缺乏耐心。
温柔的勒~
几分锺过後。
冯野终於说完了,道:“老大,大概就是这样!!!”
江河先夸:“真棒!”
简单的儿童心理学。
令冯野隔着电话都笑得合不拢嘴。
然後江河道:“来吧,用我听得懂的方式再说一遍。”
“哦哦哦!抱歉老大!”
冯野挠了挠头,道:“老大,简单来说,就是我把筛选和模拟的时长,缩短了至少……嗯,百分之九十?”
这其实说的都保守了。
单流程和并行流程比起来,效率根本不可同日而语。
针对不可成药靶点的高通量虚拟筛选,时间就是金钱。
缩短百分之九十,太牛逼了。
冯野是个天才。
但很快,他又说道:
“但是老大,哪怕缩短了这麽多……KRAS蛋白表面的面积依然很大,我们要在整个蛋白表面寻找,呃,可能不存在的口袋,并且用几百万种小分子化合物去做分子对接模拟,这依然很耗时,咱要用超算一直跑,哪怕是租用【魔方】,可能也需要大半年的时间,才或许能找到一个有效的靶点?当然了,前提是真的有这个靶点存在……”
江河问:“如果我给你一个范围呢?”
“范围?”
“嗯,如果我在KRAS蛋白上给你圈定一个氨基酸坐标范围,是不是能够进一步缩短工作时间?”
“那绝对可以啊!如果有范围的话,肯定会好很多!”
“行,我今晚回去查一下文献,看看我对哪一块儿比较在意,咱们就先跑那个范围。”
“明白!我这边等您的数据!”
挂断电话。
江河回到酒店。
今天心情是真呀嘛真不错。
实际上。
江河不仅知道范围……
他其实连KRAS G12C突变体上隐蔽的“Switch-II”口袋的具体坐标,以及能与半胱氨酸共价结合的化合物大体结构都清楚。
前世已经被研究出来的东西了呀。
不直说,只是避免被抓去做切片研究而已……
冯野那边有这麽大进展,自己这边也得加速了。
第三篇Nature论文。
开搓!
现在是双头并进。
冯野那边,提供实际突破。
自己猛搓的这三篇论文,则是理论支持。
这就像建大楼。
地基是一定要打好的。
只有地基打好了,後续的临床试验审批啊、专利申请啊,经费啊,才会非常顺利。
理论支持+实际突破是一个组合拳。
左拳伤害高,右拳高伤害。
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