极反应和支持，他下旨批示“度数旁通，有关庶绩，一并分曹料理”。但是不幸的是当时明朝只过了十几年就灭亡了，这么短的时间内，徐光启的设想是无法在全国上下全面展开的。
尚智丛说：“徐光启提出的“格物穷理之学”核心就是以数学的演绎推理和数量计算来探求客观事物的规律，具有近现代科学的特征，酝酿着近现代科学的倾向，他把数学做为科学发展的基础地位，在这里他比伽里略等近代科学先驱更高明。
他希望借助演绎推理，寻求事物的数学规律，形成“有理，有义，有法，有数”，使中国的科学思想在质上迈进了一大步”
徐光启开创的“格物穷理之学”在当时有李之藻，李天经，孙元化，王徵，其后又有方以智，王锡阐等发扬，但结果却没有在中国产生近现代科学，我认为根本原因在于满清的统治所造成的文明的毁灭割裂。满清的黑暗统治下，这样以数学为基础，全面发展科学的设想是根本无法实现的。
十六，对自然科学和哲学的划分，以及两者关系的论述
在这点上，明朝的学者领先于同期的西方，当西方还连哲学和科学的区别都弄不清楚的时候，明朝的方以智已经明确提出概念的区分和关系的论述。
方以智提出“质测”的概念，并下了一个定义：“物有其故，实考究之，大而元会，小而草木螽蠕，类其性情，征其好恶，推其常变，是曰：质测”。显然这里“质测”的概念就是现在自然科学的概念。
然后方以智提出“通几”的概念，并下了定义：“器固物也；心一物也；深而言性命，性命亦物也；通观天地，天地亦物也。推而至于不可知，转以可知者摄之。以费知隐，重玄一实，是物物神神之几也。寂感之蕴，深究其所自来，是曰通几”这里的通几就是现在所说的哲学。
然后方以智论述了自然科学和哲学的关系：“质测即藏通几者也，有意扫质测，而冒举通几，以显其*密之神者，其流遗物”，“通几护质测之穷”，“不可以质测废通几，不可以通几废质测。或质测，或通几，不相坏也”。
方以智通过自己深厚的自然科学修养和哲学修养，对当时的西方传教士传过来的知识进行了批判性的吸收，他说“远西学人，详于质测而拙于通几；然而志士推之，彼之质测，犹未备也”。
方以智通过对《崇祯历书》中第谷宇宙体系的分析得出结论“绝对静止的天是不存在的，所谓‘大造之主’不过是运转不已的自然之天体。传教士所谓的上帝不过是臆说。他用理论用逻辑批判了传教士的创世说，讽刺他们‘详于质测而不善言通几，往往意以语阂’”。
十七、军事上
徐光启在崇祯四年（1631年）上疏建议组建以全火器装备的现代化陆军：“臣今所拟，每一营所用双轮车一百二十辆，炮车一百二十辆，粮车六十辆，共三百辆。西洋大炮十六位，中炮八十位，鹰铳一百门，鸟铳一千二百门，战士两千人，队兵二千人。……行之为阵，止之为营。遇大敌，先以大小火器更迭击之；……敌在近，则我步兵以出击之；若铁骑来，直以炮击之，亦可以步兵击之。此则实选实练所致，非未教之民可猝得也。而不如是，又不足以破敌。……臣言三聚当用6万人。若悉皆招募，费必不资，亦未可遽得。……若先练一营之人，先办一营之器，两者齐备，既成营矣。一营既成，更办次营，6万人当为15营。若成就四五营，可聚可散，则不忧关内；成就十营，则不忧关外；十五营俱就，则不忧进取矣。倘止完一二营，仅可协助大城为守，未堪野战也。此臣所谓车战之制，应须选募同强，教练同习，营阵同法，器械同利者也。其见在之兵，则速召孙元化于登州，令统兵以来，可成一营矣”
这个计划得到了崇祯皇帝激切赞赏和大力
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