马六甲是三佛齐的一个王子拜里米苏拉约在1400年建立的。《马来纪年》称他是亚历山大大帝的后代。马六甲很快就占据了过去三佛齐所统治的地区，与中国建立了独立的外交关系，并控制中国通向印度的海上贸易道路。由于蒙古的扩张这个时候从中国通向西方的陆路被阻。马六甲建国后数年内皈依伊斯兰教，其国王称为苏丹。

    马六甲苏丹国的政治势力帮助伊斯兰教在马来亚传播开来，一直到达菲律宾，只有巴厘岛依然是一个孤立的印度教岛屿。马来群岛的伊斯兰教是通过印度传达这里的，它与中东的伊斯兰教不同。首先它受蘇非主義的影响比较重，其次它吸收了马来人的原始宗教和印度教传统的一些元素。由于伊斯兰教是通过通商，而不是通过军事征服传播的，因此阿拉伯语和阿拉伯的习俗没有被推广。由于大多数马来人无法读《古兰经》，因此马来地区的伊斯兰教不像阿拉伯地区那么严格。由于当地的马来统治者保持他们的权利，伊斯兰教士不像其它伊斯兰世界那样获得了巨大的政治影响。

    虽然马六甲苏丹国只存在了一个多世纪，但其影响深刻，它被看作是马来人自主统治的一个黄金时代，马六甲苏丹被看作所有马来统治者的榜样。马六甲成为马来文化的中心，它奠定了后来马来文化的基础：马来土著文化与印度和伊斯兰元素的融合。马六甲的文学、艺术、音乐、舞蹈、衣着和其宫廷的仪式被看作是所有马来人的标准。马六甲苏丹国对马来语的推广也起了重要作用。马来语是在苏门达腊形成的，随马六甲建成时传播到马来半岛。它成为所有马来国家的官方语言。

    奥斯曼帝国终結了欧洲与亚洲之间的陆上连接，而与印度的贸易又被垄断在阿拉伯商人手中，这迫使欧洲国家寻找通向印度的海路。1498年被葡萄牙国王若昂二世派出的瓦斯科?達?伽馬发现了绕过好望角通向印度的海路。1511年阿丰索?德?阿布奎基带领远征队来到马来亚，经过一个月的围攻后他占领了马六甲。马六甲成为葡萄牙东方领土的首府。

    马六甲的最后一位苏丹的儿子逃到民丹岛并在那里建立了一个新的国家，柔佛苏丹国。马六甲的统治消失后马来亚分裂为众多互相之间争战不停的小国家，其中最重要的有亚奇、文莱、柔佛和霹靂。其它国家有万丹、日惹、吉打、雪蘭莪、苏禄和丁加奴等。16世纪末欧洲商人在马来亚北部发现了锡矿，通过出口锡霹靂富强起来了。但是欧洲殖民势力还要不断在这里扩张。葡萄牙获得了对盛产香料的马鲁古群岛的控制。1571年西班牙占领马尼拉。

    1596年荷兰人到达这个地区。出于宗教原因和作为贸易上的对手荷兰与葡萄牙矛盾非常大，荷兰执意要将葡萄牙驱逐出富饶的东印度群岛。在荷兰东印度公司的领导下他们很快就占据了爪哇岛上比较弱的苏丹国。1619年他们建立巴達維亞为他们的首府。从这里他们向群岛进发。他们与柔佛联盟来对付马六甲的葡萄牙人和强大的亚奇苏丹国。1641年，在数次尝试后荷兰与柔佛的联盟终于占据了马六甲，打破了葡萄牙的统治。只有葡属帝汶还属葡萄牙。在荷兰的支持下柔佛得以在马来亚获得一个霸权地位，只有霹雳得以通过周旋于柔佛和暹罗之间保持其独立。

    这段时间里马来亚国家的虚弱为从其它地区到来的移民创造了条件。从印度尼西亚东部来的海盗经常袭击马来亚海岸地区，1699年他们刺杀了柔佛最后一位马六甲血统的苏丹，控制了柔佛，其他海盗控制了雪蘭莪。从苏门达腊来的米南加保人也移居马来亚并建立了他们自己的国家森美兰。柔佛的覆灭在马来半岛上留下了一个势力真空。暹罗的阿育他耶王国部分占据了这个真空，将北部的五个马来国家——吉打、吉兰丹、巴塔尼、玻璃市和丁加奴——变成自己的附属国。柔佛覆灭后霹雳逐渐成为马

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