十二月，太后病重。康熙自己却也因为废太子的事心力交瘁，‘头眩足肿不能行’。但他却仍以手帕裹足，到慈宁宫去亲奉汤药。云真听说，太后昏迷之际，康熙跪于床下，捧着太后的手，呼叫着“母后，儿子在此。”太后闻言，张开眼睛看他。因为已经病得说不出话来，只好握着康熙的手，拿眼睛看着康熙。不久，康熙便发布诏书，回顾了自己的一生，阐述‘为君之难’；并公开说，自今春开始，自己就发觉有头晕之症，‘形渐羸瘦’。

    康熙的诚意没有打动上天，太后还是崩逝了。康熙号哭欲绝，不顾臣子反对，坚持实行了割辫之礼(作者：割辫之礼，原仅用于帝丧)，以表哀思。伤心程度，不亚于孝庄之死。朝中便有一些臣子自作聪明地上书说，‘以孝康后升祔以久不宜迁动，而欲以孝惠后、孝康后神主并尊祔于廟’。大学士王掞得知此事后，便出面说：“陛下圣孝格天，曩時太皇太后祔廟，不以跻孝端上，今肯以孝康跻孝惠上乎？”他的评论‘发表’不久，康熙果然斥责了那些大臣，命令他们立刻改正，要求‘以嫡母神主加于生母之上’。

    处理完太后的丧礼后，康熙自己也终于撑不住，连着病了七十多天，整日脚面浮肿、头晕目眩。