六月以剃发令激起江南各地民众的反抗，相继派兵镇压。闰六月，命兵部尚书洪承畴等经略江南及粤、赣、闽、湖广、云贵等地，以攻抚之策相继平定江南。
三年,命豪格为靖远大将军,率师攻四川大西农民军。命博洛为征南大将军征闽、浙。命多铎为扬威大将军，率师征蒙古苏尼特部腾机思等。命孔有德为平南大将军，同耿仲明等率师征湖广。十一月，部将豪格部于四川西充凤凰山射杀大西农民军首领张献忠。
四年，修成《大清律》，命颁行全国。七月，罢济尔哈朗辅政，独专朝政。
五年，命谭泰为征南大将军，同何洛会征讨降而复叛的原明将领、江西总兵金声桓。调户部侍郎额色率兵协助陕西三边总督孟乔芳，镇压甘肃*米喇印丁国栋起义。命吴三桂镇守汉中。为排斥异己，迫豪格致死。初设六部汉尚书、都察院左都御史。禁民间养马及收藏军器。命济尔哈朗为定远大将军，征湖广大顺军将领李过、高一功部。
十一月，晋封皇父摄政王。六年，两次率师亲征降而复叛的大同总兵姜瓖，克浑源(今属山西)等地。
七年十二月初九(1650年12月31日)病卒于喀喇城(今河北承德市郊)，年39岁。追尊为懋德修远广业定功安民立政诚敬义皇帝，庙号成宗。不久，追论生前谋逆罪，削爵。
乾隆四十三年(1778)，复睿亲王封号。
多尔衮的妻妾子嗣
嫡福晋，成宗义皇后，博尔济吉特氏。蒙古科尔沁部落出身，吉桑阿尔寨之女。死后原本被多尔衮私谥为“敬孝忠恭元妃”，后因多尔衮被追谥为皇帝而得到皇后封号。
继福晋，佟佳氏。建州女真本部出身，尚书蒙格图之女。
侧福晋，博尔济吉特氏。蒙古扎尔莽部落出身，根杜尔台吉之女。
侧福晋，博尔济吉特氏。蒙古科尔沁部落出身，拉布什西台吉之女。
侧福晋，博尔济吉特氏。蒙古科尔沁部落出身，索诺布台吉之女，孝庄文皇后族妹。原为豪格之妻，因豪格与多尔衮政治斗争失败，在豪格死后被多尔衮娶之。
侧福晋，李氏。李氏朝鲜出身，朝鲜金林郡公李开音之女。多尔衮十位妻妾中，只有李氏为他生下独生女爱新觉罗·东莪（故此后期才将身为媵妾的李氏升为了侧室、写入了清玉谍）
媵妾，公齐特氏，察哈尔部落出身，民族及父亲记载不明。
媵妾，博尔济吉特氏，蒙古族出身，部落名称及父亲记载不明。
媵妾，济尔莫特氏，出身记载不明。
媵妾，李氏。李氏朝鲜出身，李世绪之女。
女儿:
爱新觉罗·东莪，多尔衮亲生独生女，生母为继福晋朝鲜李氏。据说其名东莪为多尔衮为纪念同父异母姐妹东果格格而取。
养子：
爱新觉罗·多尔博，弟多铎第五子，母为多铎继福晋博尔吉济特氏，顺治七年袭爵，八年被革归宗，顺治十四年封多罗贝勒，康熙十一年去世，年30岁，乾隆四十三年复爵，子苏尔发，母为刘氏，康熙四十年去世，年38岁。
多尔衮不孕之谜（摘录名家讲坛）
既然多尔衮所有妻妾当中，只有这个朝鲜李氏给他生养了惟一的一个女儿，这就有个问题需要我们必须做出回答：为什么多尔衮的其他妻妾都没有生育呢？问题出在谁身上呢？
关于这个问题，历史上没有记载！我这里也仅仅是猜测而已！应该说，多尔衮的其他妻妾都没有生育，原因在于多尔衮一直有病！
多尔衮的病理问题探讨
为什么我要说原因在于多尔衮呢？历史上记载，多尔衮长得虽然很英俊，但是从小人就比较消瘦，三十岁左右就经常病。
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