一向宗势力在小木江村严密防御，他们也搜集到不少船只，和黑川家的水军发生激烈战斗，不过，黑川家的铁甲船虽然只有二艘，但是其他大船上的火力也相当强大，而且多是黑川家三年海盗积累下来久经水战的精锐，当下就向一向水军展开猛攻，杀的一向水军节节失败，损失非常沉重。
这时，其实毛利家虽然已经非常强大，并且有着非常强大地水军，但是它还没有灭亡自己的大敌尼子家，而月山富田城一日不落，毛利家也无暇外顾，所以这时不用担心毛利家的力量直接干涉。
水军的战斗并不是一向宗所长，这些泥腿子有的甚至连上船也没有，怎么可能是海盗三年的黑川家水军之敌，所以战斗持续了到了三月十六日，一向宗的水军基本上被歼灭，再无出水之能。
这时，黑川庆德的大军浩浩荡荡，从水陆两线将整个长岛团团包围起来。
其间一向宗曾经出战过，但是很明显他们的军队无法和黑川家旗本相比，在损失了二千人之后，他们就退到了各城砦之内，准备和黑川家打长期的守卫战。
这时，在长岛地一向宗并不畏惧，愿证寺证惠甚至在最后一封信中对本愿寺本家所说：“虽然黑川势大，但是长岛各城砦都已经经过加固，并且有铁炮在内，虽是雨天也可使用，再加上众志成城，为法王而死也毫不犹豫地数万信徒，以及可吃一年的粮食，守住半年是没有问题地，而黑川家却坚持不了这样多的时间，一旦黑川家主力被我牵制消耗，那各家就可以群起而攻，那佛敌黑川的末日就来临了，而本家也可以趁机瓜分得大量领地，这样的话，就算建立地上佛国，也不是不可能的事情。”
这个判断，也多是附近各藩的主要判断，所以他们暂时按兵不动，希望在黑川家进行大量消耗之后再渔翁得利，一时间，各藩甚至风平浪静。
黑川庆德带领大军围困之后，由于当时有雪雨，因此一时间并不出击，只是包围之，对群臣的意见都不置可否，但是等到了四月六日，那时已经连有十日晴朗天气了，所有的湿物都已经干燥时，终于将预备的杀着使了出来。
永禄七年四月五日，中午，黑川庆德召集诸将，命令整顿军队，恢复临战的状态，这时，十五架投石车早已经到位，并且把第一个攻击对象定在了大鸟砦，这个大鸟砦有军民六千人。
永禄七年四月六日上午，黑川庆德最后一次视察位置，并且下令将投石车运输到规定的位置，一切都准备完成。
而这时，在大鸟砦之中的一向宗信徒，也发觉了黑川军的动向，但是因为信仰的缘故，他们反而战意更为高涨，他们准备着武器，准备迎接激烈的战斗，并且在战斗之中给予佛敌黑川沉重的惩罚！