为阻止起义深入发展，于1897年5月10日杀害了波尼法秀，篡夺了起义的领导权，并取消了“卡蒂普南”，起义阵营受到严重削弱。5月18日，西军占领甲米地全省，菲律宾**政府迁到了布拉干的破石洞，继续领导抗战。起义军名将纳蒂比达在阿利亚加战役中击败了西军的进攻，在中吕宋7个省都建立了起义政权。
1897年11月2日，起义军成立了菲律宾共和国，并宣布了临时宪法，阿奎那多任总统。这时，总督里维拉看到镇压已无希望，便向起义者诱降。阿奎那多在殖民者的威胁和利诱下，欲与敌妥协，于12月14日与殖民当局签订了《破石洞条约》。
阿奎那多从西班牙人处得到80万比索，同意缴械投降，自动解散政府，然后流亡香港。
随后，美西战争爆发，阿奎那多认为时机已到，又返回菲律宾，重新组织起义，宣布向西班牙当局开战，并自认菲律宾共和国总统，各地散落的起义军士气如虹，开始袭击各处据点的西军。
此时的西班牙处在内忧外患的边缘，各殖民地起义不断，而美国、大新亦相继向西班牙宣战。古巴等南美殖民地已被美军侵占，西班牙人认为，眼下最紧要的是想方设法保菲律宾，否则这块西班牙最后一块丰腴之地也将被人夺取，保卫菲律宾的重任交到了波拉维夏总督身上。
波拉维夏在马尼拉焦头烂额，大新与美国人同时派出了舰队，都声称要解放菲律宾，其实对于波拉维夏来说，美国人和汉人组成的远征军并不可怕，在菲律宾，他有一支三万六千人组成的精锐部队，除此之外，还有两万人组成的菲律宾本土士兵，西班牙的援军也在波拉维夏的敦促下正在赶来，相信很快就能抵达，他真正忌惮的倒是那些起义军，只有这些人才是动摇西班牙统治的根本，更为可怕的是，如果起义军与大新或者美国人里应外合，那么后果恐怕更加严重。
因此，波拉维夏的打算是，如论抛出什么样的条件，都必须与起义军达成和解。甚至他还可以纵容阿奎那多在某种程度进行划出一些省份进行自治，至于收买利诱的手段，他也早已准备好了，任何官职，多少金钱，只要阿奎那多愿意，都可以进行考虑。
拨拉维夏已经派出了他的使者，现在所要做的，就是等待消息了。
起义军的大本营位于马尼拉城外，经历一个月的奋战，起义军又重新兵抵马尼拉城下。这一次的起义声势更加浩大，整个菲律宾，似乎都陷入了反抗之中，而西军只能龟缩在各处据点和重要城市，不敢越雷池一步。
阿奎那多此时正在召开军事会议，经历了一年香港的寓公生活，他倒是并不显得消沉，精神奕奕的穿着一件西洋式的元帅服，胸口戴着琳琅满目的勋章，坐在上首，看着左右两侧争执的面红耳赤的起义军头目显得踌躇满志。
这一次军事会议几乎都在争吵中度过，美国人、汉人、还有西班牙人都派出了代表来和他们接触，也都承诺给予起义军足够的好处，美国人扬言要支持他们独立，而汉人则宣布要让他们重新回到东方文明的体系之下，西班牙人许诺了很多好处，并且愿意给予他们相应的政治地位。
对西班牙人提出的许诺，阿奎那多心动了，他并不算什么坚定的**分子，是历史将他推到这个舞台的，他喜欢钱，喜欢女人，热衷权位，但是他怕死，也不是个敢于冒险的人，他从小就出生在优裕的家庭，仆从成群，似他这样的人，是不会甘愿去死的，若不是他的利益遭受了殖民者的侵犯，若不是西班牙人为了镇压那些**军而过于凶狠的向他这种富人阶层征收不可容忍的税赋，他也不会成为起义者的一员。
当时他就是这样做的，当西班牙人给他许诺了足够的好处时，他毫不犹豫的拿着殖民者的钱远走香港，而眼下，西班牙人许诺给他在殖民政府内
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