短期之内，这种“精神激励”的确是有效的，但长期呢？军屯将士的后代是不可能铁板一块的，譬如正丁在卫所服役，而余丁经商或务农进行贴补，一旦正丁伤病，那些余丁就未必肯再服役的了。如此一来，军屯里的军士们也就连年的减少。到明中叶时期，很多卫所编制有五千六百户，实际只有一、两千军户，受过战乱的卫所，有的仅有几百户。戚继光到福建抗击倭寇时，有一个卫，总共才找出一百多老弱残兵。
第二，赋税问题。与民田赋税相比，军屯里的军户所上交的，是要少于民田赋税的，因为军户是以服役为代价补偿的，“有斯田服斯役”，耕种军田即服军役，耕种民田服民役，就是这个道理。一个朝廷，出现着这种两种不同方式，那么一些“机敏”之人就会利用这些个空挡，进行一些个人的私利行为。譬如，“军丁逃籍”导致“军田没人种”，然后“招徕流亡民户屯种”，这样也就导致了一些军田变成了“招徕流民来屯”等等。
第三，军田的效率。与民田相比，军田是属于朝廷的，任何人不得擅自处理占有的，而各卫所里的大人们，就像段鹏前世里的“国有资产”管理人一般，投机取巧的方法多的是，像私役属下军户等等，算是屡见不鲜的了。UC小说网_m.shukugu.com