屠掠，血腥镇压，辽东军民仍然挺身而起，英勇反抗。就在辽阳失陷后金兵据城的恶劣处境下，城民也未俯首帖耳甘做顺民，而是针对后金贪婪好掠的传统恶习，“放火焚家，锅、瓮、窗纸，尽皆毁坏”，以示抗议。
辽东军民和满族阿哈采取的斗争形式多种多样，其中以逃亡、起义为主。鞑子入辽初期，虽然各城明朝官将多已降顺，但广大辽民却高举义旗，英勇反抗。金国汗遣降将陈尧道为宽奠参将，同守备郭彦光、吕端招降四卫，行至镇江，古河屯民陈大等人，“不受伪命”，刺杀陈尧道三贼，“聚集三千人，歃血共盟”。
马虎山民任九，钖头山民金国用，马头山崔天、泰卓山、王恩绍等，“及东山矿徒”，“不肯降奴，各聚众以待大兵（明兵）”。盖州生员李遇春及其弟李光春等，“聚矿徒二千余人以守，奴使六人降之，遇春杀五人，其一人逸”。《明熹宗实录》卷十一，清朝官修的《明史》卷二百五十九也载称：“时金、复诸卫军民及东山矿徒，多结砦自固，以待官军。”
此后，镇江兵民起义，擒捉驻城游击佟养真父子，金兵往剿，“屯民结聚铁山拒之，奴仰攻，被伤三四千人”。广宁附近山区居民三万余人坚守山寨，拒不降金，复州民集议反金，约请明兵来援。各地武装斗争风起云涌，蓬勃开展。
逃亡，是辽东汉满人民采取的又一主要斗争方式，被掠为俘沦为阿哈的汉人，痛恨金兵的屠杀掳掠，纷纷大批逃走。他们有的逃入朝鲜，待机返明。天命六年五月，“逃入朝鲜者，亦不下二万”。七月，镇江民又有三万余人渡江，逃入朝鲜。努尔哈赤为此于七月致书威胁朝鲜国王说，“据闻我所获得之辽东之民，多有逃往尔国者”《满文老档?太祖》卷二十四。，务须送还，否则将结仇怨，于朝不利。
逃往沿海岛屿及渡海入山东的，也很多。天命六年五月，仅山东登州、莱州，就接渡辽左金、复、海、盖四卫官民男妇三万四千余名。毛文龙据皮岛，辽“民多逃岛中”，众达十余万。其他长鹿、石门等岛，也有大量逃民。
进入关内的兵民更多，天命七年（1622），已多达两百八十余万人。此后，逃者仍然络绎不绝。比如，以天命八年为例，这一年里，沙安峪等四村民众三千人，向明境逃去，清河、岫岩和河，都发生了大批逃亡的事件，复州城民一万八千余丁，欲尽数逃入明境。
辽东军民还采取了投放毒药等方式进行斗争。不少汉民投放毒药于井水，以药饲养牲畜，放毒于食品中，以图毒死汗、贝勒和八旗官兵。后金刚打下辽阳不久，五月二十六曰，便“发觉明人于汗都之各井，投放毒药”。二十八曰，努尔哈赤到海州巡察，坐下吃饭，又发现八名汉人向井中投毒。
努尔哈赤不得不多次下达汗谕，告诫八旗官兵谨慎小心，明确指出，有人投毒于水，在盐中放药，以药养猪出售，谕令官兵不要在买猪当曰宰杀，须过几天药毒散尽以后，才能宰食。用水用盐，都要格外小心，仔细检视，对于买来的葱、瓜、茄子，以及鸡、鸭、鹅等，也要谨慎察看，防止中毒。
他还下达严谕，命令店铺主人，必须将店主姓名刻于石木上，立在店前，违令不办者，治以重罪。又禁革沿街流动售卖的小摊贩，因为这些人常用毒药谋害八旗官兵。堂堂一国之主，竟要下达这样的谕旨，历史上是很少有的，可见汉民以投毒来进行斗争的行为，是十分频繁的，已经对后金统治者造成相当严重的威胁。
汉民还使用了其他方式，反抗后金统治，有的私藏兵器，违令不交，为起义作准备；有的藐视汗谕，收留“逃人”，清点人丁时又隐瞒不报，对抗搜捕逃人的严令；有的打死为非作歹的八旗官将，惩治欺压人民的暴徒；有的还张贴书文，斥责努尔哈赤是“说尧舜之话，而心是桀纣之心”。
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