投入到中原，他上疏力争，直言不讳的指责，说这一部分辽东军决不可来，倘若到来，陕西的“贼寇”就会重新滋蔓，结果无益于剿贼。
就是因为这封奏疏，孙传庭彻底的得罪了高起潜，同时得罪了辽东军的高层。你小子是什么意思吗？说我们辽东军来了以后，陕西流寇反而会更加的声势大涨，这不是在痛骂我们辽东军剿贼不力，甚至是和陕西流寇沆瀣一气嘛？
其实，奏疏上的理由，都是幌子。最根本的原因，还是洪承畴和孙传庭他们不愿意辽东军前来分享功劳。一直以来，都是他们几个在陕西剿贼，一旦有了外人，就不好办了。这里面有些东东，是他们几个一早就说好了的，要是换一个外人来，还是一个很强势的外人，弄不好，是要出事的。
说得冷酷一点，就是将流贼都剿灭了，他们的好曰子也就到头了。没有了流贼，他们还拿什么问朝廷要钱要粮？就好像是辽东军那样，要是没有了鞑子，朝廷还会在乎他们的感受吗？还会优先拨付他们的钱粮吗？不让他们解甲归田就算是不错的了。
辽东军不愿意别人插手他们的地盘，秦军同样不愿意让别人插手他们的事务。因为这个缘故，秦军和之前卢象升的湖广军已经有不少的矛盾，花费了好大的力气，双方最后总算是协调好了。要是现在辽东军、晋军都来插一腿，天知道前线会乱成什么样子。只怕李自成他们，是可以大摇大摆的从各军的结合部轻松通过的。
孙传庭是个非常骄傲自负的人，一向对杨嗣昌代皇帝筹划的用兵方略很瞧不起。由于他没有能够像洪承畴那样受到郊劳和召见，对杨嗣昌更加不满，决心同杨嗣昌斗一下，所以在清兵退走之前他就上疏说：“年来疆事决裂，多由计画差谬。待战事告竣，恳皇上一赐陛见，面陈大计。”
经过力争陕兵回陕的斗争失败，他渴望陛见的心情更加迫切。如今果然蒙召对了，有机会给他说话了，但皇上叫他的口气是那么严厉，是不是会允许他把许多有关国家大计的话痛快奏陈呢？他俯首屏息，诚惶诚恐，一面静候皇上问话，一面向象牙朝笏上偷眼瞧看那上边用工整的小楷写着他要面奏的方略要点。
向孙传庭打量了片刻之后，崇祯怒容满面，用威严的声音说：“孙传庭，朕前者命你巡抚陕西，协助洪承畴剿办流贼，三年来虽然不无微劳，但巨贼李自成及刘宗敏等并未拿获，遗患无穷。去冬潼关南原之战，汝连疏告捷，均言闯逆全军覆灭，尸积如山。欺饰战绩，殊属可恨！朕今问汝：闯逆现在何处？”
皇上的震怒和责问，孙传庭完全没有料到，简直像冷不防当头顶挨一闷棍。尽管他的姓格十分倔强，也不由得轰然出了一身冷汗，脸色灰白，四肢微微战栗。很快，他就醒悟过来了。他在打击杨嗣昌的同时，杨嗣昌又何尝不是在打击他？崇祯皇帝的责问，显然就是因为杨嗣昌的缘故。
想到这里，孙传庭的内心，更加的不服气。你丫的杨嗣昌，打仗的本事没有，打小报告的本事倒是很强啊！就以你这点小心眼，还想入阁？他鼓着勇气回答说：“微臣前奏闯贼全军覆灭，确系实情，不敢有丝毫欺饰，有总督臣洪承畴可证。”
“啪！”
崇祯把御案一拍，吓得孙传庭急忙低头。
“狡辩！你不惟没有将闯贼拿获，连其重要党羽如刘宗敏，田见秀、高一动、李过等均一并漏网。汝奏疏中所谓‘逆贼全军覆灭，非俘即亡’，不是欺饰是什么？”
崇祯怒气冲冲的厉声喝道。
既然肯定是杨嗣昌在打小报告，孙传庭内心的不服气情绪，更加的炽盛。他竭力保持镇定，缓缓的回答说道：“微臣在君父之前，何敢强辩。去冬十月，臣与督臣亲赴潼关，麾兵围剿，设三伏以待贼。经一曰一夜奋战，确实将逆贼全军击溃，死伤遍野，遗弃甲仗如山。
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