型侦察机在轰炸之前先行起飞，侦察了作为主要目标和备选目标的三个城市的气象情况。一个小时之后，张自忠亲自驾驶着1号战机，带领着2号和3号战机，携带者三枚雷字级核弹还有六架蓝翔型护航战斗机从秋字号航空母舰起飞，向着德国方向飞去，此时正是早上的9点35分，天空中云层稀薄，能见度极佳。
在飞往德国的途中，张自忠收到了先行起飞的侦察机发来的无线电，报告慕尼黑上空晴朗，适合目视轰炸，海军武器专家刘俊上尉随即将钻入炸弹舱进行原子弹的最后装配工作，二十分钟后装配完毕，原子弹处于待发状态。之所以这样做是出于安全考虑，如果在地面就将原子弹装配好，起飞时发生事故将会摧毁整个亚历山大海港。
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