收集了犯罪现场的物理证据，奥斯瓦尔德被达拉斯警方押送到警署总部接受审讯。但在接下里的调查中却遇到了重重疑点。
稍后，在晚上10：30，达拉斯警察局的警长杰西#克里被一个按他的话说是“来自华盛顿的人”命令去发送所有收集到的物理证据到位于华盛顿的美国联邦调查局总部。
接下来，奥斯瓦尔德接受的审问，按杰西#克里的话说，“简直就是违背所有审讯规则的”。杰西#克里说：“一般来讲，一个讯问者在审问一个嫌疑犯时会和他单独地呆在一个屋子里或者有一个人陪同，但是事实正好相反，这个审问奥斯瓦尔德的屋子早就挤满了FBI的探员，秘密小组探员和一些联邦探员和谋杀侦探。”
达拉斯谋杀案侦探长弗雷兹，当时主管对奥斯瓦尔德的审讯工作，他同样向沃伦委员会证实了没有任何对于审讯过程的记录，但是替代它的则是他在几天后准备好的记录。探长弗雷兹的证词与他真实手写的记录互相矛盾。
联邦调查局是第一个完成官方调查的权威机构。刺杀案仅仅过去17天的时候，联邦调查局的报告就出版了，并被提交至沃伦委员会，当时联邦调查局仍然是对于委员会来说主要的调查机构。联邦调查局陈述只有3颗子弹在刺杀案中被发射；第一枚射中了肯尼迪总统，第二枚射中了康纳利州长，第三枚射中肯尼迪的头部，并且致死。联邦调查局陈述道：李#哈维#奥斯瓦尔德射出了全部3发子弹。这份陈述与官方调查委员会的结论有一些出入，在官方调查委员会的报告中说，一共有4发子弹在这次刺杀案中被射出。
可是，调查刚刚开始不久，犯罪嫌疑人就被人莫名其妙的枪杀了。
犯罪嫌疑人奥斯瓦尔德被人枪杀后，林登#约翰逊总统亲自任命了一个特别委员会负责彻底调查这一谋杀案件。美国首席*官厄尔#沃伦是这个委员会的主席，因此，该委员会也被称为沃伦委员会。他们的调查结果全部收入到《总统特别委员会关于肯尼迪总统被暗杀的调查报告》（即《沃伦报告》）当中。
在长达一个月的调查后，沃伦委员会汇总出上百万字的材料，近二十万字的报告。12月27日，该委员会宣布“在争议和理智的名义下”宣布暗杀总统的“客观真相”：“奥斯瓦尔德纯属个人行为”。
这分报告的结论要点如下：1、奥斯瓦尔德是使总统死亡和州长受伤的凶手。
2、子弹从教科书大楼的6层窗口射出。发射的3颗子弹中，一颗也使康纳利州长受伤。
3、没有发现其他人或集团参与了谋杀总统的阴谋。
4、没有发现奥斯瓦尔德为外国政府服务、受资助、做间谍的证据。
5、没有发现奥斯瓦尔德与美国**、古巴正义政策实施委员会、外国工人党合谋谋杀总统的证据。
6、奥斯瓦尔德并非联邦调查局、中央情报局或其他任何政府部门的探员或职员。
7、没有奥斯瓦尔德与杰克#卢比相识的证据。
8、任何官员都没有参与对美国政府的密谋或颠覆活动。
奥斯瓦尔德的犯罪动机被归结为：“对一切权威根深蒂固的憎恨以及对马克思主义和**的信仰”。结论排除了苏联、古巴插手的可能，也排除了美国政府及其机构参与的说法。暗杀只是偶然的“意外”，引用联邦调查局的话说：“这从头到尾是美国的一个悲剧——一亿九千万美国人中的一个精神状态不稳定的人的个人行为”。
然而，谁又能想到，在接下来的调查中，种种迹象却直指时任美国总统的林登#约翰逊！
美国中央情报局老牌特工亨特在1919年年初，预感自己将不久于人世——淋巴癌、下巴癌、前列腺癌一齐发作，左腿被迫截肢，记忆力急剧下降，梦也
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