，贼寇横行的时候，他曾经亲自单骑往抚降敌，使四境得安，由是知名。后被朝廷提拔他任兵部职方主事，晋升员外郎。历任山西口北兵备道、湖北郧阳兵备道、淮徐兵备道等职，算是个儒将了，所在任内，皆以“才谞精敏”，廉明、勤政、爱民著称。
左良玉进兵湖广以后，朝廷为了控制他，拜何腾蛟为右佥都御史，湖广总督，有人唯恐何腾蛟被左良玉暗害，劝他不要去，何腾蛟说：国家养仕设官，原以救倾危之急，当立千万年不朽之功；今日偷生畏死，岂人臣之责乎?遂慷慨赴任。左良玉敬佩他的为人，爱慕他的才能，所以只是派兵监视了他的住宅，并没有加以伤害，左大帅还期望着有一天，何腾蛟能做他的宰相呢。
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