迁大量引用了儒家经典的内容，并且将孔子的思想作为评价历史人物和事件的重要标准。
人们向来将“发愤著书”当作司马迁的创作宗旨。的确，《史记》奔涌激荡着司马迁的个人情感。司马迁因李陵事件遭受宫刑，这是他人生中最大的耻辱和痛苦。然而，正是这种坎坷的亲身经历，使他对封建统治者有了更进一步的认识，也使他从创作实践中更加体会到古人发愤著书的心情。
在《太史公自序》中，司马迁提出：“昔西伯拘羑里，演《周易》；孔子厄陈、蔡，作《春秋》；屈原放逐，著《离骚》；左丘失明，厥有《国语》；孙子膑脚，而论兵法；不韦迁蜀，世传《吕览》；韩非囚秦，《说难》《孤愤》。诗三百篇，大抵贤圣发愤之所为作也，此人皆意有所郁结，不得通其道也，故述往事，思来者。”这段话列举了历史上许多贤圣因遭受挫折而发愤著书的例子，说明苦难是文学创作的重要动力。
在《报任安书》中，司马迁也写道：“及如左丘明无目，孙子断足，终不可用，退论书策以舒其愤，思垂空文以自见。……亦欲以究天人之际，通古今之变，成一家之言。”他认为，自己之所以要撰写《史记》，不仅是为了抒发心中的郁愤，更是为了探究天人之间的关系，通晓古今历史的变化，形成自己独特的学术观点。
司马迁的“发愤著书”说具有丰富的理论内涵和重要的历史意义：
首先，它阐述了社会生活、个人经历是文学创作的原动力。司马迁强调个体写作的决定因素，认为文学创作应该源于生活，反映现实。这一观点可以说是开魏晋文论自觉意识的先河，对后世文学理论的发展产生了重要的影响。
其次，它揭示了苦难在文学创作中的作用。悲愤痛苦的情感往往使作者能够体会到生活与宇宙中最深刻的意蕴，这种建立在体验之上的思索，往往构成了作品情理交融的魅力，也是艺术特有的魅力。司马迁的《史记》之所以能够成为“史家之绝唱，无韵之离骚”，正是因为它蕴含了作者深刻的人生体验和情感。
再次，它揭示出创作的意义——社会意义与个人意义相统一。司马迁通过阐述古代圣人的写作动机，指出古代的圣贤所以发愤著书，“此人皆意有所郁结，不得通其道，故述往事，思来者。”他认为，历史上许多文人的创作都是想“藏之名山，传之其人”。这就将文章写作的动力归结为个人与社会的统一，不仅是为了承担社会责任，也是为了抒发心中的郁愤，使个人的生命意志得以延续。
从东汉到明清两代，司马迁的“发愤著书”说一直被人们所关注和讨论。它既具有丰富的理论内涵，又对后世作家的创作产生了重要的影响，成为中国古代文学理论与创作的优良传统。许多作家都以司马迁为榜样，在遭受挫折和苦难时，发愤著书，留下了许多不朽的作品。
司马迁在《史记》中还特别关注了商品经济的发展，在《货殖列传》中提出了自己独到的见解。他秉承老子的治世思想，认为统治者就应该让老百姓过安稳日子，让经济自然而然地发展。他指出，对待经济发展：“善者因之，其次利道之，其次教诲之，其次整齐之，最下者与之争。”这句话的意思是，最好的方法是顺应经济发展的自然规律，其次是加以引导，再次是进行教育，然后是进行整顿，最差的方法是与民争利。
司马迁的这一经济思想虽然有讽刺汉武帝所采用的经济政策之嫌，但的的确确是极其高明的见解。汉武帝时期，为了加强中央集权，实行了盐铁官营、均输平准等政策，与民争利，虽然在一定程度上增加了国家的财政收入，但也严重阻碍了商品经济的发展。司马迁的经济思想主张顺应自然，让市场发挥主导作用，这与现代经济学的某些观点不谋而合。
只可惜，司马迁的经济思想并未引起历代
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