外兵屡败，江阴沦为孤城。即便如此，刘良佐心有余悸，不敢再攻城，只用火炮攻击北城，彻夜不息，城垛在炮火的轰击下塌陷数丈。阎应元命石匠砌墙，匠危惧不前，阎应元言辞恳切，动之以情，石匠深受感动，于是冒死登城修葺城垛，使之牢固如初。
十四日，阎应元利用清寇劝降之机，派出百余名壮士，以奉送“降礼”为名,暗携火器进入清寇营帐,炸死清寇两千余人。十七日夜，阎应元挑选勇士千人出南门劫营，或执板斧，或执短刀，或用扁担，突入敌营，伤千余人。及他营来救，应元兵已返回城中。此役之后，刘良佐再次后撤，扎营在十方庵。十八日，刘良佐令十方庵的僧侣向城跪泣，陈说利害，劝江阴军民早降。城中皆愿以死报国，要他速去。当晚，僧人又来劝降，再次被众人遣走。十九日，刘良佐策马来到城下，劝应元道：“宏光已北，江南皆下。若足下转祸为福，爵位岂在良佐下，何自苦如此？”
阎应元从容道：“江阴士民，三百年来食毛践土，深戴国恩，不忍望风降附。应元是中国典史，深知大义所在，绝不服事鞑靼。将军位为侯伯，掌握重兵，进不能恢复中原，退不能保障江左，有何面目见我江东忠义士民乎？”
良佐惭愧不已，又以清廷召谕相示，劝江阴士民接受招安。应元怒道：“有降将军，无降典史。”一声梆响，火箭齐发，良佐连跨三四马逸去，叹息道：“江阴人没救了！”
伪清亲王多铎（屠扬州之禽兽）闻知江阴久攻不下，极为震怒，他先派汉奸走狗孔有德（多年后被李定国军围于桂林，畏罪自杀）“率所部兵协攻”，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪（多年后被李定国将军击毙）带领满洲兵携红衣大炮前往攻城。
贝勒博洛平定松江后，统率所部二十万大军来到江阴城下。匪首博洛登山而望，巡视江阴城防后，对手下讲：“此城舟形也，南首北尾，若攻南北，必不破。惟攻其中，则破矣。”他命人绑缚降将黄蜚、吴之葵到城下，命令他们做书劝降，黄蜚道：“我在城中没有相识，写了劝降书又有何用？”
吴之葵涕泪交横，仰头劝阎应元投降，情词悲楚，应元叱道：“大臣被缚，当速就死，何必喋喋不休！”之葵再拜泣下，蜚默默无语。
匪首博洛见阎应元义不可动，发起总攻，分兵先抄断各镇救兵，以竹笼盛火炮，鼓吹前迎，炮手披红挂彩，限三日破城，二十日至二十七日，清寇轮番攻城不息，阎应元指挥防御，浴血奋战，终保江阴城池不失。
八月初，江阴民兵昼夜守御，甚感疲惫。开始有人出城投降。清寇在城外四处杀掠，民不聊生，为江阴百姓不齿，那些剃发投降的人，被城上看见，必然痛骂，即使父子相见，兄弟相逢也像仇敌一般。
阎应元见城防吃紧，遍取民间乱发，投城下诱敌。清寇惊喜，报告刘良佐。良佐道：“还不能相信，去观察一下守城的人剃发了吗？”清寇察探后，方知是诈降。博洛久攻不下，心中焦急，于是重新劝降，称只要拔去大明中兴的旗号，四门悬挂满清旗号四面，只杀斩首事者数人，其余一概不论，即使不剃发，也会撤兵。
阎应元看出博洛的缓兵之计，遂道：“只斩我一人？我没有罪，凭什么杀我！”议不决而止。博洛又称只要在四城竖起满清旗四面，也会立刻退兵。阎应元情知有诈，仍不应。前吴军门督军王海防至江上，宰牛杀羊与诸将起誓，称江阴归顺后绝对不许杀掠。他自恃在江阴素有恩信，请缨来劝降，但临城招抚，却无人应和。
此后清二酋多尔衮晓谕招安，博洛命人用箭射入城中，言明已亡，何苦死守？阎应元命人在书后补上：“愿受炮打，宁死不降！”射还给清寇。
清廷多次劝降，城内已经开始有人犹豫，但因阎应元镇守的北门誓死固守，众意遂绝。被困
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