既久，江阴城内伤亡惨重，战斗力日减，城中石灰断缺，不能乘夜修城。饭米越来越少，只能靠征集民间的米以备缺乏，阎应元下令两日领一次米，不得预先领取。
中秋前后，百姓携壶提觞登上城楼，举杯痛饮，诸生许用模仿楚歌，作《五更转曲》，让善歌的人登高传唱，以笙笛箫鼓相和。当时天无纤翳，皓月当空，清露薄野，剑戟无声，黄弩、师鼓、胡琴于西城之敌楼，歌声悲壮，响彻云霄。清寇争着靠前倾听。
或怒骂，或悲叹，甚有泣下者。歌中唱道：“宜兴人，一把枪。无锡人，团团一股香。靖江人，连忙跪在沙滩上。常州人，献了女儿又献娘。江阴人，打仗八十余日，宁死不投降。”刘良佐针锋相对，命人作劝降词，让士卒相倚而歌，自己与幕僚在帐中饮酒，不一会儿，城上炮、箭齐发，遂散去。
二十一日，博洛令数百人，把二百余座大炮全部搬到花家坝，专打东北城。炮弹入城，穿透洞门十三重，树亦穿过数重，落地深数尺。当日雨势甚急，外用牛皮帐护炮装药，城头危如垒卵。城上因敌炮猛烈，见燃火，即躲到围墙后面。炮声过后，再登上城楼。清寇看到这种情况，故意放空炮，并让炮中只放狼烟，烟漫障天，咫尺莫辨。
守城者只听炮声霹雳，认为清寇不能很快进入，而不知清寇已潜渡城河，从烟雾中蜂拥突上，众人来不及防御而崩溃。江阴终于被攻陷了。
当清寇上城时，一队队民兵对城列阵。清寇怕有埋伏，僵持半日不敢进攻。到黄昏时，城中鼎沸，民兵阵脚散乱，清寇才敢下城。
城破之时，阎应元端坐于东城敌楼之上，要了一支笔，在城门上提到：“八十日带发效忠，表太祖十七朝人物，十万人同心死义，留大明三百里江山。”
题讫，带着千人上马格斗，杀死清寇无数，欲从西门突围而不得。他环顾从者道：“为我谢百姓，吾报国事毕矣！”自拔短刀，刺胸血出，投在前湖中。
义民陆正先想把他从水中扯起，正赶上刘良佐遣兵来擒，良佐自称与阎应元有旧，要生擒他，于是清寇把他捞起绑住，没有杀他。良佐踞坐在明佛殿，见应元来了，跃起，两手拍应元背而哭。应元道：“有什么好哭的，事已至此，只有一死。速杀我！”
博洛坐在县署，急索应元至堂上。阎应元挺立不屈，背向贝勒，骂不绝口。一卒以枪刺他的小腿，阎应元血流如注，不支倒地。博洛命人把他关到栖霞庵。当夜，寺中僧人不停听到“速杀我”的声音，天明时，终遇害。
阎应元死后，家丁犹存十余人，皆因不降而被杀，陆正先也一同殉难。江阴县衙，男女大小共四十三人举火自焚，典吏陈明遇自己持刀与清寇血战，身负重创，握刀僵立，死时，身子倚在墙边，屹立不倒。
训导冯厚敦自缢于明伦堂，妻与姊投井死。中书戚勋、诸生许用举家自焚而死。诸生许王家，被清寇拘押时，“或劝曰：‘君故明一诸生，未食天碌，何以身殉？’
王家曰：‘君臣之义，岂论仕与不仕？公等复言。’”书生笪某，被清寇抓获之后，“刑前叹曰：‘我一介小人，今日得之士大夫之烈，为忠义而死，死之犹生也。’临刑神色不变。”
呜呼！中国军民这视死如归，以身殉国之精神，真可谓“惊天地，泣鬼神”矣！八月二十二日，清寇开始屠城。
百姓或力战到底，或坦然就义，都以先死为幸，妇女多贞烈，投河而死。七岁孩童毅然就义，无一人顺从。
清鬼子屠城两日后“出榜安民”，城内百姓仅剩“大小五十三人”而已。
“有明之季，士林无羞恶之心。居高官、享重名者，以蒙面乞降为得意；而封疆大帅，无不反戈内向。独阎、陈二典史乃于一城见义。向使守京口如是，则江南不至拱手献人矣。”
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